脱粒机作业结束后要及时清除机器内附着的尘土和其它杂物将松动的螺丝拧紧卸下传动带有输送带与链带也要卸下。传动带上的油污要用肥皂水清洗干净晾干后单独挂在墙壁上以防腐蚀老化。卸下的链带要用煤油洗净并在机油内浸一下单独存放。各部位轴承、黄油嘴孔用煤油进行清洗后重新注满黄油。对全机的摩擦表面及各个螺丝都要涂上机油以防生锈。
在对脱粒机进行洁机、保养过程中若发现有损坏的地方或零配件变形的当时不能修好还原一定要在来年使用前修好才能进行脱粒作业以免发生安全事故。在保管放置脱粒机时四腿脚要支垫平稳并用塑料布遮蔽好防尘。保管棚室要通风干燥严防屋面漏水或地面返潮导致机体腐蚀生锈而缩短使用寿命。