苹果树在休眠期病虫害防治重点有腐烂病、枝干轮纹病、金纹细蛾、叶螨等。此期果园内的害虫和病原菌停止活动，进入越冬状态，便于集中消灭。同时休眠期的苹果树抗药性较强，可施用高浓度药剂进行防治，同时树上又无叶片，涂抹农药亦很方便。
农业防治
一是清洁果园。待树上叶片脱落以后，彻底清扫落叶、病果和杂草，摘除僵果，集中烧毁或深埋，以消灭越冬的病虫。同时结合冬剪，剪除树上病枝和虫枝。二是刮树皮。山楂叶螨、二斑叶螨、梨小食心虫、卷叶蛾等害虫大多在粗皮、翘皮及裂缝处越冬，若能细致周到地刮净粗皮、翘皮，可杀死50%～90%的越冬害虫。三是树干涂白。涂白以两次为好，第一次在落叶后至封冻前，第二次在早春，主要保护主干、主枝及较大的辅养枝和侧枝。
药剂防治
苹果树腐烂病和枝干轮纹病主要在初冬或早春刮除病斑或病瘤后抹药。刮除腐烂病时，刮治的病斑呈梭形，刮病斑的宽度应比原病斑宽出1厘米左右，深达木质部，将病皮彻底消除。刮治前后所用工具要消毒，刮的病皮带出果园烧毁。病斑刮除后要用腐必清2～3倍液或2%农抗120的10～20倍液或5%菌毒清30～50倍液涂抹消毒，半月后再用上述药剂涂抹1次。同时每年早春还要对刮治后3年以内的原病斑用上述药剂再消毒1次。对苹果树腐烂病发生不太严重的果园，还可在冬前或早春采用树体喷药的方法防治。药剂可选用：腐必清或2%农抗120或5%菌毒清100倍液；5波美度石硫合剂；5%菌毒清100倍液加腐必清1000倍液。
