首先，全面检修窝室，堵塞漏洞，抹严缝隙，以防凛冽的寒风吹进窝舍，以保证麝鼠安全越冬。
其次，备好冬贮菜和干草，采收后的冬贮菜要晾晒，防止腐熟变质，直到上冻时方可上堆保存了。冬贮菜可以选大头菜、胡萝卜、大白菜、卷心菜等，为防寒御冷要贮备干草，以供垫窝越冬用。
第三，搞好种鼠的选优工作，挑选毛色光亮、无残缺、眼睛黑亮、眼圈睫毛正常、尾巴全齐无伤痕、鼻不发炎、不流涎、性情温顺、神态活泼、食欲良好、毛色接近、个体相近、年龄接近的成龄鼠作种鼠。
第四，对于那些淘汰种鼠和落选鼠要列入商品鼠进行饲养，商品鼠的馈养要投喂全价饲喂。
第五，要及时将群居的幼鼠选种配对或单放饲养。天气渐冷，麝鼠长至500-700克体重时，就开始择偶分居，此时如不及时分开，势必造成咬伤咬死。凡配对的种鼠，要选择一个新笼舍，同时投入水池中，然后鼠从“水封洞”口进入窝室，使其组成家庭，以便越冬。
第六，天气没有完全变冷时，也要根据情况每日换一次水或隔日换一次水，要坚持放水直到上冻结冰为止。不能过早停止水池供水，以防麝鼠发生红眼病。
总之，秋末冬初时的管理要照顾麝鼠群体老、中、幼、小各个年龄层次，管理复杂，饲养全面，因此，要综合考虑才不至于顾此失彼，造成不应有的损失。
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